Der Bienenkönig heißt Walter Jakoby und lebt am östlichen Rand von Berlin. Er liebt alles was fliegt: Flugzeuge und Bienen. Er hat bei der Interflug gearbeitet und ist Imker. Sein Bruder Richard ist sieben Jahre älter und nach dem 17. Juni 1953 in den Westen gegangen. Es gibt zwei Erzählstränge, in dem einen Strang geht es um die Beziehung zwischen den beiden Brüdern:
"Es waren einmal zwei Brüder, der eine hieß Kain, der andere Abel, der eine hieß Jakob, der andere Esau, der eine hieß Richard, der andere Walter, der eine lebte im Westen, der andere im Osten Deutschlands. Sie verstanden sich so lange gut, wie die Mauer stand. Als die Mauer fiel, wurde es schwierig. Und als das Land wieder vereinigt wurde, entzweiten sie sich."
1989: die Mauer fällt. Erst sieht es so aus, als ob nun alles gut ist. Endlich kann auch Walter Richard besuchen. 28 Jahre lang war das unmöglich, seit dem Bau der Mauer im Sommer 1961. Als der Vater der Brüder stirbt, wird bei der Testamentseröffnung klar, dass die Beziehung zwischen ihnen nur an der Oberfläche friedlich war. In den Auseinandersetzungen geht es nicht nur um Geld und um Besitz, sondern auch um die verdrängte Ost-West-Geschichte im geteilten Deutschland.
In dem anderen Erzählstrang geht es um die Beziehung zwischen Kornelia und Jens, den Kinder von Richard und seiner Frau Magrit. Kornelia besucht ihren Bruder Jens im November 1995 in Berlin. In seiner Küche stößt sie auf ein Glas Honig ihres Onkels. Als sie ein Kind war, nahm er sie mit ins Bienenhaus, schnitt ein Stück Wabe ab und gab es ihr. Die Wabe schob sich in ihrem Mund zusammen wie der Balg eines Akkordeons, und gab eine Flut süßer Töne frei.
"Einmal war die Beziehung süß und gut zwischen ihrem Onkel und ihrem Vater. Einmal sah es so aus, als könnte nichts ihre Brüderlichkeit, ihr Zusammengehörigkeitsgefühl zerstören, nicht mal die Mauer. Aber dann fiel die Mauer und der Streit begann. Es war paradox: Die Wiedervereinigung hatte zu ihrer Trennung geführt."
Richards Tochter Kornelia begibt sich auf Spurensuche, um zu verstehen, wie es zu dem Streit gekommen ist. Nach und nach wird deutlich, wie sich Teilung, Mauerfall und Wiedervereinigung auf die Beziehung ihres Vaters und ihres Onkels ausgewirkt haben.